조선약학교의 모체는 1915년에 1년 과정으로 설립된 조선약학강습소이다. 조선약학강습소의 설립은 한말 이후 의학계를 중심으로 꾸준히 전개되어 왔던 약학과의 설치 노력과 강습회 개최의 결실로 이루어졌다.
그러나 1년 과정인 약학강습소 수료로는 약종상 자격에 머무르기 때문에 정식 약제사의 면허 취득이 가능한 2년제 조선약학교의 설립이 요청되었다.
이 운동은 일본인들도 적극 호응하여 1918년 약학강습소를 발전적으로 해체하고 그 설립인가를 얻었다. 학교의 위치는 현 을지로 6가 국립의료원 뒤편에 있었다.
1920년 5월 10명의 첫 졸업생을 배출하였고, 같은해 11월에 실시된 약사자격시험에 졸업생 이호벽(李浩璧)이 수석합격하여 우리나라 약사 제1호가 되었다.
조선약학교는 서구식 정규 약학교육기관으로서는 시초인 동시에 고등교육에 있어서 최초로 남녀공학이 실시되었다. 1924년 3월 처음으로 한국인 여성 3명이 배출되었다. 여성의 권리신장에 커다란 기여를 한 남녀공학제도는 1933년부터 일시 중단되었으나 광복 후 부활되었다.
본과 9회 졸업생 91명, 특별과 7회 263명, 수업생 7회 29명을 배출하였다. 1930년 3년제의 경성약학전문학교로 승격되어 광복까지 유일한 약학교육기관으로서 자리하였다.