1865년(고종 2) 비변사가 폐지되어 의정부에 통합된 뒤에도 그 조직과 인원 및 기능은 의정부 내에 그대로 존속되어 공사색으로 칭하였다.
비변사의 도제조는 도상(都相)이라 개칭하여 전임 의정이 겸하게 하였고, 제조는 당상으로 개칭하여 공조판서 외의 5판서, 5군영대장, 수원·광주·개성유수, 대제학, 좌우포도대장 등이 당연직으로 겸하였으며, 또 유사당상 4인, 공시당상(貢市堂上) 2인, 8도 구관당상 8인 등을 임명하여, 한때 그 인원이 49인에 이르기도 하였다.
실무 낭청들은 공사관으로 개칭하였는데, 문관 2인, 무관 참상 5인, 참하 4인으로 모두 11인이었다. 공사색에서는 비변사와 마찬가지로 국가의 모든 중요정책을 심의, 운영하였다. 1894년(고종 31) 갑오경장으로 폐지되었다.