낙후된 우리 농촌의 근대화를 위하여 농촌에 정착하여 살아갈 유능한 지도자와 새로 발족된 농협의 유능한 직원을 양성하기 위해 설립되었다.
1962년 12월 문방흠(文方欽)이 운영하는 학교법인 건국학원(建國學院)에서 건국대 축산대학의 교사 일부를 빌려 2년제 농업협동조합초급대학으로 설립하였다. 정원 100명에 농업협동조합과를 설치하였고, 1966년 농업협동조합중앙회에 인수되어 현재의 경기도 고양시 덕양구 서삼릉길(원당동) 위치에 교사를 신축하여 이전하였다.
1979년 농업협동조합전문대학으로 교명을 변경하였고, 1991년 농공기술과ㆍ식품제조과, 1992년 전자계산과를 신설하였다. 1998년 5월 농협대학으로 교명을 변경하고, 1999년 3월 부설교육기관으로 협동조합경영대학원을 개원하였다.
같은 해 8월 기존의 4개 학과를 협동조합계열로 단일화하고 입학 후 유통경제전공과 금융보험전공으로 나누는 전공코스제를 도입하였다. 2002년 농협경영연구소를 부설하고, 2005년 산업체위탁교육과정을 개설하였다. 2008년 전공심화과정을 개설하였다.
교훈은 ‘서로 사랑하자, 서로 믿자, 서로 돕자’이고, 농업협동조합 직원 양성을 교육목적으로 하고 있다. 전형방식은 대학수학능력 응시자를 대상으로 선발하는 일반전형과 농협ㆍ축협의 조합원 자녀와 전문대졸이상자를 대상으로 선발하는 특별전형으로 나뉜다.
경쟁력있는 인재 양성을 위해 1999년부터 입학만하면 무조건 채용을 보장해 주는 의무채용제도에서 주어진 요건을 충족할 경우 채용을 하는 재량채용제도로 바꾸어 우수한 성적으로 교육과정을 마친 졸업생에 한해서 지역 농업협동조합에 취업하게 된다. 수업연한은 3년이고, 재학생 전원에게는 기숙사 생활이 의무화되어 있다.
야간에 협동조합경영과를 설치하여 산업체 위탁교육을 실시하고 있고, 2008년까지는 농업협동조합 직원이 교수직을 겸했으나, 2009년부터는 교수의 수월성을 강화하기 위해서 외부에서 일반인 교수를 모집하고 있다. 또한 졸업 후 농업협동조합뿐만 아니라 농업협동조합 산하 금융권, 계열사 쪽으로의 취업 확대를 도모하고 있다.
2012년 2월 농협대학에서 농협대학교로 교명을 변경하였다.
2009년 현재 협동조합계열(유통경제전공ㆍ금융보험전공) 단일학과에 재학생은 390여 명, 전임교원은 8명이다. 부설연구기관으로 농협경영연구소가 있고, 부설교육기관에 농ㆍ축ㆍ인삼협동조합의 조합장을 대상으로 수업연한 1년의 평생교육을 실시하는 협동조합경영대학원과 농업인을 전문농업경영인으로 육성하기 위한 1년제 농업인교육원이 있다. 2020년 현재 협동조합 경영과 산업으로 나뉘어져 둘다 주간으로 운영중이다.