원문은 발해문이었다고 하며 약 300년 뒤 황조복(皇祚福)이 한문으로 번역하였다.
현재의 국한문본은 1959년정해박(鄭海珀)이 한문본을 다시 번역한 것이라 하나, 발해본은 물론 한문본도 오늘에 전하지 않는다. 따라서, 그 사료적 가치가 의문시되고 있으나, 다른 상고사서와 비교하여볼 때 그 기본틀이 다르지 않아, 면밀한 분석과 재평가가 요망되고 있는 사서라 할 수 있다.
이 책은 저자 대야발의 서문에 이어 제1편 전단군조선, 제2편 후단군조선, 제3편 기자조선으로 구성되어 있고, 대한제국 학부 편집국장 이경직(李庚稙)의 중간서(重刊序)와 신채호(申采浩)의 중간서가 부록되어 있다.
특히, 신채호는 ≪단기고사≫를 단기(檀奇) 2000년사의 실사(實史)라 찬양하였다. 또, 출판인 김해암(金海菴)·이화사(李華史)의 출간경로(出刊經路)는 이 책을 한말에 출간하려다 뜻을 이루지 못한 것을 비롯하여, 마침내 광복 후기에 출판하게 된 경위를 기록하고 있다.