김만수(金萬壽)가 전국의 인력거 차부(車夫) 3,000여 명으로 경성차부협회(京城車夫協會)를 조직하였고, 이후 경성차부협회는 차부들의 자녀 교육을 위해 대동학원을 설립하게 되었다. 그 건학이념은 ‘불학위빈(不學謂貧)’으로, ‘배움은 곧 가난을 벗어나는 길이요, 배워야만 민족독립에 기여할 수 있다’는 발전적 의미를 내포하고 있다.
대동세무고등학교의 모체인 대동학원(大東學院)의 설립은 일제강점기에 경제·교육·문화 면에서 민족 역량을 배양하고, 민족 생존권을 수호하기 위한 지사들의 뜻있는 결합이었고, 서민들의 자구적 노력이 결집된 것이었다.
1925년 4월 18일 서울특별시 종로구 수송동에서 대동학원(大東學院)으로 설립되었다. 1928년고창한(高昌漢)이 경영을 맡게 되면서 종로구 가회동에 교사(校舍)를 신축하여 이전하고 대동학교로 교명을 변경하였다.
1932년 고창한이 사재 30만 원을 출연하여 재단법인 대동학원을 설립하였으며, 1934년 5년제 5학급의 대동상업학교로 개편하였다. 같은 해 4월종로구 계동 현재의 위치에 교사를 신축하여 이전하였고, 1936년 제1회 졸업생 56명을 배출하였다.
광복 후 1946년 6년제 대동상업중학교로 개편되었다가 1951년 대동상업고등학교와 대동중학교로 개편되었다. 1965년 대한불교조계종에 인수되었다가 1969년 동국학원, 1974년 한송학원, 1987년 10월 현재의 학교법인 고촌학원에 인수되었다. 1997년 8월 대동정보산업고등학교로 교명을 변경하였으며, 1998년 7월 남녀공학으로 개편하였고 1999년 3월 여학생이 입학하였다.2007년 7월 대동세무고등학교로 교명을 변경하였다.
2009년 현재 3개 과(세무회계·세무행정·세무정보), 30학급에 총 822명의 남녀 학생이 재학하고 있고, 교직원은 71명이 재직하고 있다.
교훈은 ‘성실·봉사·창조’이다. 세무 분야의 특성화 고등학교로서 공인회계사, 세무사, 기업 재무담당자 등 전문인력 양성의 토대 구축을 교육목표로 하며, 한국세무사회, 서울시립대학교, 종로세무서와 협약을 체결하고 있다. 그 밖에 우수학생 2주간 미주 지역 어학연수 실시, 해외 결연학교 확대와 예절실 운영, 독서 3품제 등 인성·독서교육에 힘쓰고 있다.
학생활동으로는 1950년대 후반에 창설된 농구부가 전국 규모의 대회를 여러 차례 석권하면서 우리나라 농구 발전에 기여하였고, 상업고등학교 시절 주산반이 일본과 대만에서 개최된 대회에서 우승한 바 있다. 현재는 검도반·만화반·연극반 등이 활동하고 있다.