관찰사·병사·수사(水使)·수령(守令)들의 정청(政廳)으로서 지방의 일반행정 업무와 재판 등이 여기서 행해졌다.
지방관의 생활 처소인 내아(內衙 : 西軒이라고도 함.)와 구분되어 보통 그 동편에 위치했기 때문에 동헌으로 불리게 되었다. 아사(衙舍)·군아(郡衙)·현아(縣衙)·시사청(視事廳) 등으로 부르기도 하였다.
군현의 크기와 시대에 따라 건축의 양식이 조금씩 다르기는 하다. 그러나 조선 후기 건물인 경우 일반적으로 3, 4층의 석축 위에 정면 6, 7칸, 측면 4칸의 목조 주심포(柱心包) 구조에 팔작지붕의 장중한 체제를 갖추고 있다.
보통 중앙 3칸은 마루로 된 대청이며, 양쪽에는 1, 2칸씩의 온돌방으로 꾸며져 있다. 또 방의 전후에는 1칸씩의 툇마루로 되어 있다. 건평은 40∼50평 정도가 일반적이었다. 이들 동헌의 정면에는 ‘○○당(堂)’ 또는 ‘○○헌(軒)’ 등의 현판을 달았다. 동헌과 내아는 담이나 행랑으로 격리되어 있고, 협문으로 통할 수 있게 하였다.
동헌은 객사(客舍)·향교와 함께 지방 관아의 핵심 건물로 중요한 의의를 가진 것이었다. 그러나 일제강점기 이후 대부분 훼철되거나 소실되어 현존하는 것은 매우 드물다.
현재 남아 있는 동헌 건물로는 강원도감영 청사였던 원주의 선화당(宣化堂), 김제 군아인 사칠헌(事七軒), 충주목 아사인 청녕헌(淸寧軒), 울산도호부 동헌이었던 일학헌(一鶴軒) 등이 대표적이다.
그 밖에 동래·직산·태인·과천의 동헌 청사도 다소 개축되었거나 변모된 형태로 남아 있다. 용인 민속촌에 복원된 관아 건물은 원주 선화당과 과천 현아 등을 고증하여 재구성한 것으로 동헌과 내아 문루 등이 비교적 잘 복원되어 있다.