본래 백제 초기의 적현성(赤峴城)이었는데, 757년(경덕왕 16) 지금의 이름인 연기로 고쳐져 연산군(燕山郡: 문의)의 영현이 되었다. 1018년(현종 9)청주에 속하였다가, 1172년(명종 2) 감무를 두었고 뒤에 목천감무(木川監務)가 겸임하였다.
1406년(태종 6)목천에서 갈라져 다시 감무를 두었다가, 1414년전의와 합하여 전기현(全岐縣)이라 하였으며 2년 뒤 다시 나누어졌다. 1914년 행정구역개편 때 전의군 일원과 공주군 일부를 합하여 연기군이 되었으며, 지금의 조치원읍과 남면·동면·서면 지역이 여기에 해당된다.