그 전신은 1946년에 목포사범학교로 설립되어 1963년에 목포교육대학, 1978년에 목포초급대학으로 개편되었다. 1979년 3월 4년제 단과대학인 국립목포대학으로 승격되어 초대학장에 박광순(朴光淳)이 취임하였다.
1981년에는 목포시 용해동의 목포캠퍼스에서 무안군 청계면의 도림캠퍼스로의 이전사업종합계획이 확정됨에 따라, 1982년부터 연차적인 이전을 실시하였다. 1990년 3월 종합대학교로 승격 개편되었다.
2010년 현재 인문과학대학·사회과학대학·자연과학대학·공과대학·경영대학·생활과학예술체육대학·사범대학 등 7개 단과대학 56개 학과에 입학정원 1,785명이다. 대학원에 석사과정 45개 학과와 7개 협동과정, 박사과정 24개학과와 12개 협동과정이 있으며, 교육대학원에 석사과정 24개 전공, 경영행정대학원에 4개학과 3개 협동과정, 산업기술대학원에 14개 전공과정이 설치되었다. 교직원수는 교수 305명, 조교 70명, 직원 162명, 계약직 28명 총 565명이고, 7,607명의 학생이 재학하고 있다. 학사 3만 3,667명, 석사 3,259명과 박사 248명을 배출하였다.
목포대학교는 전남 서남권 선도대학으로 이론과 실무를 겸비한 지역기반의 글로벌 인재를 양성, 배출함으로써 지역발전을 선도하는 것을 설립 취지로 하고 있으며 창조, 덕의, 봉사의 교시에 따라 지역을 선도할 지도자적 인격과 자질을 겸비한 인력양성에 주력하고 있다.
부속기관으로는 도서관·박물관·정보전산원·학생생활관·평생교육원·중등교육연수원·국제교류교육원·공동실험실습관·신문방송사·체육부·부속공장·부속농장·과학영제교육원·도서문화연구원·해상풍력중심신재생에너지인재양성센터 등이 있다.
부설연구소로는 아시아문화연구소·호남문화콘텐츠연구소·교육연구소·전략경영연구소·문화관광산업연구소·임해지역개발연구소·법학연구소·여성연구소·지방자치연구소·기후변화대응및에너지자원연구소·한방산업연구소·신재생에너지기술연구소·유럽문화연구소·IT융합연구소·바이오나노컴포지트연구소·자동차기술연구소 등이 있다.