1945년 10월 문화고등여학원으로 설립되었다. 1949년 문화중학교로 교명을 변경하고 3년제로 개편하였다. 1951년 10월 문화고등학교가 설립 인가 되었다.
1950년대 이후 여러 가지 여건으로 운영상의 어려움에 처하게 되어, 1960년 7월 미국인 선교사 프로보스트(Provost, R. C.)를 중심으로 한 대한예수교 장로회 경동노회에서 교육을 통한 학원선교의 목적으로 재단을 인수, 학교의 경영을 맡게 되었다. 이와 함께 인문계에서 실업계로 개편하여 교명을 문화농업고등학교로 변경하고, 농과 1학급과 축산과 1학급의 전학년 6학급을 설치하였다.
1964년 11월 다시 문화종합고등학교로 변경하고 농업과와 인문과를 설치하였으며, 1972년 8월 인문계로 환원하여 문화고등학교로 교명을 변경하고 6학급에서 15학급으로 증설하였다. 1978년 30학급으로 증설하였으며, 1996년 7월에 충효신축교사로 이전하였다. 2005년 10월에는 개교 60주년 기념행사를 가졌다.
2009년 2월 제 57호 졸업식에 총 졸업생수는 1만 8,215명이다. 2010년 현재 27학급에 재학생 859명 교직원은 56명이다.
교훈은 ‘경천(敬天)·애지(愛智)·자율(自律)’을 바탕으로 대한민국의 교육이념에 입각하여 예수그리스도의 정신으로 중등교육을 실시함을 목적으로, 교육목표를 경천을 통한 인성교육, 민주정신함양, 건전한 학풍조성, 창의력과 탐구능력개발, 건전한 심신연마로 정하여 이의 실천에 힘쓰고 있다.
동아리 활동으로는 MCN(컴퓨터), 서예반, 미스디렉션(마술), 한국청소년 연맹, RCY, 방송국, 유도반, 검도반 외에 20여 개의 동아리 활동으로 하고 있다. 특히 MABS(문화고방송국)은 매년 방송국원 학생들의 특별행사로 MABS방송부가 주최하는 MABS방송제는 제1부에는 영상축제, 제2부 방송가요제로 구성하여 매년 한결같이 경주시의 청소년 문화를 선도하고 있다. 2002년 1월 27일에는 TBC 프로그램 ‘가슴을 열어라 TeenTeen’에 방영되기도 하였다.
학교 행사로는 개교 이래 매년 개최되는 ‘문화인의 밤’을 비롯하여 문화종합예술행사를 매년 실시하고 있다.