1885년(고종 22) 8월 아펜젤러(Appenzeller. H. G.)에 의해 우리나라 최초의 근대적 중등교육기관으로 설립된 배재학당(培材學堂)의 대학부에서 그 기원을 찾을 수 있다. 배재학당은 1909년 4월에 배재고등학당으로 인가되었다가, 1916년에 중등교육기관인 배재고등보통학교와 고등교육기관인 배재고등학당으로 개편되어 교육을 실시해왔으며, 1925년 일제에 의해 배재고등학당은 15회 205명의 졸업생을 배출한 뒤 폐지되었다. 그 뒤 1977년에 당시 배재고등학교와 배재중학교를 운영하고 있던 학교법인 배재학당이 대전여자초급대학을 운영하고 있던 학교법인 대전보육학원과 합병하여 이듬해 3월 배재대전초급대학으로 재발족하였다.
배재대전초급대학은 1979년 3월 배재실업전문대학으로 변경되었다가 1981년 3월에 4년제 배재대학으로 승격되었으며, 초대학장에 김용우(金用雨)가 취임하였다. 1987년 11월에는 대학원을 설치하였다. 1992년 3월 종합대학인 배재대학교로 승격되어 초대총장에 이성근(李聖根)이 취임하였다. 1993년 9월 2부대학(야간)이 신설되었다. 2001년 1월 서울캠퍼스지원센터를 신설하였으며, 2005년 6월에는 배재학당 창립 120주년 기념행사가 있었다. 2008년 8월에는 교육대학원이 설립되었으며, 같은 해 10월에는 입시정책연구소를 설립하였다.
현재 6개 대학원(일반대학원 1, 특수대학원 4, 교육대학원 1), 5개 단과대학(하워드대학, 서재필대학, 아펜젤러대학, 김소월대학, 주시경대학)에 53개 전공(학과 · 학부)으로 구성되어 있다. 부속기관으로는 대학발전추진본부 · 배재시민법률상담소 · 예비군연대 · 보건진료소 · 박물관 · 생활관 · 배재학당역사박물관 · 아시아선교센터 · 학술지원센터 · 배재미디어센터가 있으며, 부설교육기관으로는 부속유치원 · 한국어교육원 · 평생교육원 · 보육교사교육원 · 교육연수원 등이 있다.
부설연구기관으로는 인문과학연구소 · 공학연구소 · 유아교육연구소 · 한국시베리아센터 · 칠연구소 · 관광이벤트연구소 · 사회과학연구소 · 비교법연구소 · 통일문제연구소 · 공학교육혁신센터 · 중소기업지원연구소 · 다문화교육센터 · 자연과학연구소 · 마그레브연구소 · 생명과학연구소 등이 있다.
매년 6월에 ‘배재축전’을 개최하여 찬송가경연대회 · 전국고교생미술경연대회 등을 실시하고 있으며, 58개의 동아리를 통한 활발한 학생활동이 이루어지고 있다. 대학신문인 『배재신문(培材新聞)』은 1977년에 창간되어 격주간으로 발행하고 있으며, 학교법인 배재학당에서 운영을 담당하고 있다.