1941년 3월에 수산 발전을 위한 학문 연구와 수산업 근대화에 기여할 유능한 지도자 양성을 위하여 관립 부산고등수산학교로 설립되었다. 1944년 4월 부산수산전문학교로 교명을 변경하였으며, 1946년 9월에 부산수산대학으로 승격되었다. 1950년 6월에 부설 초급대학을 설치하였다가 1952년 3월에 폐쇄하였다.
1954년 10월 대학원을 설치하고, 1962년 3월 대학정비시책에 따라 부산대학교에 편입되었다가 1964년 1월에 분리되었다. 1996년 7월에 부산수산대학교와 부산공업대학교를 통합하여 부경대학교로 교명을 변경하였다. 옛 부산수산대학교의 대연캠퍼스와 옛 부산공업대학이 위치한 부산시 남구 소재인 용당캠퍼스 등 2개의 캠퍼스를 운영하고 있다.
2014년 현재 6개 단과대학(인문사회과학대학, 자연과학대학, 경영대학, 공과대학, 수산과학대학, 환경·해양대학), 1개 학부(글로벌자율전공학부)로 구성되어 있으며, 대학원은 일반대학원 1, 전문대학원 1(과학기술융합전문대학원), 특수대학원 5(교육대학원, 경영대학원, 산업대학원, 국제대학원, 글로벌수산대학원)로 편제되어 있다.
연구시설로는 인문사회과학연구원·기초과학연구원·경영정보원·공학연구원·수산과학연구원·환경해양과학기술원·해양고학공동연구소가 있다.
부속기관으로는 박물관·출판부·교육육연수원·보건진료소·부경언론사·장애학생지원센터·체육부생활체육지도자연수원·법률지원센터 등이 있다.
해양실습을 위하여 1983년 4월에 동남해역 소재 관공실습선 3척을 통합 운영하고 있다. ‘미래를 우리 손으로’라는 교훈을 바탕으로 ‘학문의 자유를 바탕으로 창의적인 연구, 교육을 통해 지역, 국가 ,인류의 밝은 미래사회를 창조해 나갈 열린 사고와 책임 있는 실천력을 겸비한 인재를 양성한다’는 교육목표를 가지고 있다.