이 학교의 전신은 일제 말기에 이영일(李永日)이 설립한 사립 영명학교(永明學校)로, 광복 후 부안농사학교로 개편되면서 이영일이 기금을 희사, 교사를 신축하였다.
1950년에 4년제 부안농업중학교로 개편하여 농업과 각 학년 2학급씩 12학급을 편성하였다. 1951년 학제 변경에 따라 중학교와 분리, 부안농림고등학교로 개편되어 고등학교에 농업과와 임업과를 두었다. 1965년에는 중학교와 완전 분리됨과 동시에 축산과를 신설하고 남녀공학제를 실시하였다.
1974년에 다시 농업가정과를 신설하여서, 1989년 현재 농업과 · 임업과 · 축산과 · 농업가정과 등 4개과에 총 18학급으로 편성되었고, 1990년 부안농공고등학교로 학칙이 변경되었다.
2007년 9월 부안제일고등학교로 교명을 변경하였고, 2008년 8월 산업기계과 · 푸드테크과 · 조선응용기계과로 학과를 개편하였다.
2010년 2월 현재 57회 졸업으로 총 8,613명의 졸업생을 배출하였다. 9학급 180명의 학생이 재학하고 있으며, 33명의 교직원이 재직하고 있다.
농업교육진흥을 위한 자립농고체제의 운영으로 목장 10㏊, 논농사 5㏊를 소유 운영하고 있으며 1987년에는 자립체제운영우수학교로 선정되어 문교부장관 표창을 받은 바 있다.