1895년 7월에 공포된 「소학교령」에 의거해 같은 해 8월 30일 한성 계동에서 관립 계동소학교(桂洞小學校)로 개교하였다. 3년제 심상과와 2년제 고등과를 두고 8세에서 15세까지의 학생 48명이 입학하였고, 같은 해 9월 한성 재동으로 교사를 이전하고 관립 재동소학교로 개칭하였다. 교과목은 오륜행실·소학·국사·국문·산술·외국역사·지지 등이었으며, 1897년 제1회 졸업생을 배출하였다.
1906년 8월 「보통학교령」에 따라 심상과와 고등과를 합하여 4년제 관립 재동보통학교로 개편하고 초대 교장에 김교식(金敎植)이 취임하였다. 1910년 경술국치 이후 공립으로 개편되어 재동공립보통학교, 1938년 재동공립심상소학교, 1941년 재동공립국민학교로 교명을 변경하였다.
1946년 서울재동국민학교로 개칭하여 33학급으로 편성하고 광복 후 초대 교장에 정의성(鄭儀成)이 취임하였다. 1969년 11월 서울삼청국민학교를 통폐합하고, 1986년 3월 병설유치원을 개원하였다. 1996년 서울재동초등학교로 교명을 변경하였다.
2009년 현재 16학급에 총 425명의 학생이 재학하고 있고, 교직원은 32명이 재직하고 있다.
교훈은 ‘슬기롭고 참되며 굳세게’이다. 미래사회를 선도할 인재로 성장할 수 있는 자주적이고 창조적인 어린이 육성을 교육목표로 하여 ICT 교육 강화, 시각문화 이해력 계발, 영어교육 활성화 등에 역점을 두고 교육활동을 전개하고 있다.
또한 특색사업으로 높임말 쓰기 운동, 1인 1기 운동, 싸움이 없는 학교 만들기 캠페인, 독서 600 운동 등을 전개하고 있다. 문교부 지정 반공도덕 시범학교, 문교부 지정 영양급식학교, 한국지역사회학교후원회지정 지역사회학교, 명상교육 시범학교, 제6차 교육과정을 위한 교과용도서 실험연구학교 등을 운영하였고, 2004년에는 과학교육 우수학교에 선정되었다.
개화기에는 근대교육의 효시로서 신학문과 신문화 창달의 선봉이 되었으며, 국권상실 이후 3·1운동과 6·10만세운동 등 항일구국운동에도 적극 참여하였다. 광복 이후 음악·무용·문학·웅변 등의 분야에서 여러 차례 전국대회 우승을 하였으며, 1980년 이후에는 교기(校技)인 탁구를 중점 육성하여 여러 차례 우승을 한 바 있다. 1995년 개교 100주년 기념행사를 거행하고, 『재동 100년사』를 간행하였다.