대한제국 때 원주진위대의 육군참위(陸軍參尉)로 근무하였다. 1907년 일제가 한국군을 강제해산시키자 이에 반대하여 민긍호(閔肯鎬)와 함께 진위대 병사를 지휘하여 항전을 전개하였다.
먼저 진위대 무기고에서 총 1,200자루와 탄환 4만발을 꺼내어 병사들에게 나누어준 뒤, 읍내에서 교전하면 무고한 읍민이 많이 희생된다고 하여 성 밖의 산 위에 방어선을 구축하였다.
그 뒤 일본군이 공격하여오자 여러 시간 동안 치열한 격전을 전개한 끝에 일본군을 충주 방면으로 격퇴시켰다. 그 뒤 박여성(朴汝成) 의병진과 연합하여 인제를 공격하여 그곳의 군청과 헌병대를 파괴하고 친일매국단체인 일진회(一進會) 회원을 숙청하였다.
이 의병부대는 군율이 엄격하고 전략이 뛰어나 관동지방 의병부대 가운데 그 명성이 높았다. 또한, 손재규는 사격술에 능하여 항전중 적군을 수많이 사살하여 큰 전과를 올렸다.