조선시대 현유(賢儒)의 위패를 봉안, 배향하고 지방민의 교육과 교화를 위해 창건되었다. 창건연대는 미상이며 1592년에 회신되었다가 1615년(광해군 7) 중건하였고, 1686년(숙종 12)에 현재의 위치로 이건하였다.
1970년 대성전을 중수하고 1974년과 1976년에 대대적인 보수가 있었다. 현존하는 건물로는 6칸의 겹처마 맞배지붕으로 된 대성전, 7칸의 겹처마 팔작지붕으로 된 명륜당, 동재(東齋) · 서재(西齋) 등으로 구성되어 있으며, 대성전에는 5성(五聖), 송조4현(宋朝四賢), 우리 나라 18현(十八賢)의 위패가 봉안되어 있다.
조선시대에는 국가로부터 토지와 전적 · 노비 등을 지급받아 교관이 교생을 가르쳤으나, 갑오개혁 이후 신학제 실시에 따라 교육적 기능은 없어지고 봄 · 가을에 석전을 봉행하며 초하루 보름에 분향을 하고 있다. 신녕향교 명륜당은 1983년 지방 유형문화재(현, 유형문화유산)로, 신녕향교 대성전은 1985년 경상북도 문화재자료(현, 문화유산자료)로 지정되었으며, 전교(典校) 1명과 장의(掌議) 수명이 운영을 담당하고 있다.