본래 거로현(巨老縣, 또는 巨續縣)이었는데, 소성왕 때 학생들의 녹읍(祿邑)으로 만들어 청주(菁州: 지금의 晋州)에 예속시켰다. 경덕왕 때아주현으로 고쳐 거제현에 예속시켰다. 통일신라 때 거제섬에는 아주·명진(溟珍)·송변(松邊)의 3개 현이 있었는데, 아주는 섬의 동북부 지방을 관할하였다.
1423년(세종 5)아주를 이운면(二運面)으로 개칭하였고, 1914년 행정구역개편 때 통영군에 속하였으며, 1935년장승포읍으로 승격하고, 1953년 거제군이 통영군에서 분리되었으며, 1989년장승포읍이 시로 승격되고, 1995년거제군과 장승포시가 통합되어 새로운 거제시가 되었다.
아주는 통일신라 이전에는 당나라를 연결하는 해로상의 중요한 중계항으로 추측된다. 이곳이 왜적의 침입을 받으면 해상통로가 막히므로 동남쪽의 구조라포(舊助羅浦)에는 진보(鎭堡)를 구축하였다.
고려 원종 때 왜구가 침입하여 주민의 대부분이 육지로 피난을 갔다. 거창읍 동쪽 10리 지점에 자리 잡아 아주촌(鵝洲村)이라는 난민촌을 형성하였다. 1432년 주민의 대부분이 거제도로 돌아갔으나, 일부 주민들은 아주촌에 그대로 남게 되어 행정구역상 적화방(赤化坊)의 아주리가 되었다.
조선시대에는 지세포진(知世浦鎭)이 설치되었고, 가라산의 봉수는 충주를 거쳐 서울에 연결되었다. ‘거로(巨老)’는 이 지방의 방언으로 ‘고니’로 읽으므로 아주로 바꾼 것이다.