1993년 3월 3일 정동성이 이사장으로 있는 학교법인 동신학원에 의해 여주공업전문대학으로 개교하였다. 전기과·전자과·건축과·산업디자인과·공업경영과·사무자동화과·도자기공예과에 신입생은 640명이었다.
1994년 여주전문대학으로 교명을 변경하고, 토목과·여성교양과·세무회계과·실무영어과를 신설하였다. 1997년 수도권정원 자율화 대학 및 전문대학 특성화 프로그램 우수대학에 선정되었다. 1998년 여주대학으로 교명을 변경하였다. 2009년 당시 42개 학과에 재학생은 5,513명, 전임교원은 127명이었다.
2012년 3월 여주대학이 여주대학교로 교명을 변경하였다.
부속기관으로 여암학술정보관·세종생활관·산학연구지원센터·산학협력지원센터·인터넷방송국·예비군대대 등 6개가 있으며, 부설기관으로는 평생교육원이 있다.
인간다운 사랑, 아름다운 봉사, 정의로운 실천을 통해 국가와 민족 그리고 인류공영에 이바지하는 인재 육성을 교육목적으로 하고 있다. 국제교류로 뉴질랜드 캔터베리스포츠매니지먼트대학(Canterbury Sports & Management College), 일본 미나토가와단기대학 등 해외 13개국 83개 대학과의 교류협정을 맺고 어학연수, 학술교류 등을 시행하고 있다.