본래 흑산도 주민들이 왜구를 피하여 이곳에 옮겨와 남포강변(南浦江邊)에 거주하면서 영산현이 되었다. 일명 흑산현(黑山縣)이라고도 한다. 1363년(공민왕 12)영산군으로 승격시켰다가 조선 초기에 나주군에 병합시켰다.
조선시대에는 신촌면(新村面)에 속하였고, 1914년 행정구역개편 때 영산면이 되었다. 1981년나주읍과 영산포읍이 통합되어 금성시가 이에 포함되었고, 1986년금성시에서 나주시로 명칭이 변경되어 영산동이 되었다.
역사적으로는 신라 말기 효공왕 때 후백제의 견훤(甄萱)이 이 지역을 공략하여 점령하였으나, 뒤에 태봉(泰封)의 궁예(弓裔)가 파견한 왕건(王建)의 부대와 대접전이 벌어져 견훤이 대패하였다. 고려 말기에 왜의 침입을 받았고 임진왜란 때 그들에게 점령당한 적이 있다.
이 지역은 주산인 가요산(歌謠山)을 중심으로 발달한 나루터취락으로 조선시대에는 영산포가 있어 나주평야의 물산을 이곳 영산창(榮山倉)에 모으기도 하였고, 근래까지도 등대가 설치된 곳이었다. 나주에서 이곳을 지나 강진과 장흥을 잇는 도로가 발달하여 수륙교통의 요지였다.