본래 백제의 마서량현(馬西良縣)이었는데, 신라의 영토로 편입된 뒤 757년(경덕왕 16) 옥구현(沃溝縣)으로 개칭되었다. 1018년(현종 9) 임피군은 임피현으로 강등되어 현령이 설치되었고, 옥구ㆍ회미현은 계속 그 영현으로 남아 있었다. 1403년(태종 3) 회미현이 옥구에 이속되었다.
1895년 23부제를 실시할 때 전주부 관할 옥구군이 되었다. 1896년 13도제 아래에서 옥구군은 4등군으로서 전라북도 소속이 되었다. 1899년 옥구부로 승격되었고, 군산항이 개항되면서 감리서(監理署)가 설치되었다. 1902년 옥구군으로 개편되었고, 1906년 옥구부로 승격하였다가 군산부가 창설됨에 따라 군산부에 편입되었다.
1914년 임피군과 함열군의 일부 및 고군산열도ㆍ비안도ㆍ어청도를 통합하여 옥구군이 되었으며, 모두 10개 면을 관할하였다. 그 뒤 여러 차례의 행정구역 개편에 따라 군의 일부가 군산시와 익산군에 편입되었다.
1914년 군ㆍ면 통합시 설치된 구읍면이 1931년 옥구면으로 개칭되었으며, 1980년 옥구면이 옥구읍으로 승격되었다. 1985년 옥구읍 서부출장소가 설치되었으며, 1989년 4월 옥서면으로 승격하여 옥구읍에서 분리되었다.
1988년 당시 옥구군의 면적은 295.9㎢, 인구는 78,968명, 1개 읍 10개 면 73개 리가 있었으며, 군청소재지는 군산시 중앙로 2가였다. 옥구군은 1995년 1월 1일 행정구역 개편에 따라 당시 인구는 약 69,000명으로, 군산시와 통합되어 새로운 군산시가 되었다.