본관은 파평(坡平). 자는 자상(子上), 호는 매촌(梅村). 아버지는 이조참판을 지낸 윤문거(尹文擧), 어머니는 평창이씨(平昌李氏) 이전(李瑑)의 딸이다. 수원(水原) 고등리에서 출생하였다. 할아버지인 윤황(尹煌)에게 글을 배우다가 17세에 송시열(宋時烈)의 문인이 되었고, 뒤에 그의 사위가 되었다.
과거에 실패한 뒤 오직 학문에만 열중하였으며 음식조차 사양하고 받지 않았다. 송시열과 윤증(尹拯)의 사이에서 화의를 붙이려고 노력했으나 실효를 거두지 못했다. 석성(石城) 봉호서원(蓬湖書院)에 배향되었으며, 저서로 『매촌미정유고(梅村未定遺稿)』가 있다.