본관은 파평(坡平). 자는 인지(訒之). 영의정 윤필상(尹弼商)의 5세손이며, 윤승세(尹承世)의 증손으로, 할아버지는 윤자(尹鼒)이다. 아버지는 윤종룡(尹從龍)이며, 어머니는 홍윤범(洪允範)의 딸이다.
음보(蔭補)로 관직에 나아가 사과(司果)에 이르렀다. 1601년(선조 34) 생원이 되고 그 해 식년문과에 병과로 급제하여 판관이 되었다. 1605년 형조좌랑을 거쳐 이듬해 예조정랑 · 함양군수, 1608년 정언 등을 역임하였다. 1609년(광해군 1) 장악원첨정이 되면서 춘추관편수관을 겸직하였으며, 『선조실록』의 편찬에 참여하였다.
이어 지평 · 연산군수가 되고 1612년 장령 · 필선이 되었다. 이 때 김제남(金悌男)의 처형을 주장하였으며, 더욱이 이이첨(李爾瞻)의 심복이 되어 이이첨의 사주를 받아, 이위경(李偉卿) · 정조(鄭造) 등과 함께 영창대군(永昌大君)의 생모 인목대비가 무고(巫蠱)를 일삼고 역모에 내응하였다는 죄목을 만들어 유폐를 상소하였다. 이에 김효성(金孝誠) · 윤전(尹烇) 등의 탄핵을 받고 강상죄(綱常罪: 삼강오륜에 어긋나서 지은 죄)로 삭직당하였다.
그러나 이듬해 다시 기용되어 판교(判校)가 되고, 1615년 문학 · 집의 · 동부승지 등을 역임하였다. 1617년 대사간이 되면서 이영(李覮) · 정조 · 임건(林建) 등과 함께 인목대비의 폐모를 발론(發論)하여, 마침내 서인으로 만들어 서궁(西宮)에 유폐시켰다.
1621년 예조참판이 되고 대사헌에 올랐다. 1623년 인조반정이 일어나자 이이첨 · 한찬남(韓纘男) · 정조 · 이위경 등과 함께 대북파로서 주살당하였다.