본관은 남원(南原). 자는 정원(靜源), 호는 정재(靜齋). 할아버지는 삼학사의 한 사람인 윤집(尹集)이며, 아버지는 판관 윤이선(尹以宣)이다. 송시열(宋時烈)의 문인이다.
1685년(숙종 11)에 음보로 광릉참봉(光陵參奉)이 되었으며, 그 뒤 여러 관직을 거쳐 1721년(경종 1)에 능주목사를 지냈다. 1722년에 신임옥사가 일어나고, 그 공신 회맹(會盟) 때 어버이의 묘지를 돌본다는 핑계로 참여하지 않은 사실이 문제되어 금산(金山)에 유배되었다.
그 뒤 1724년 영조가 즉위하기 직전에 공신의 자손이라 하여 유배에서 풀려나왔다. 그 이듬해에 한성부서윤·장악원정·군자감정을 거쳐, 노인직으로 첨지중추부사 겸 오위장(僉知中樞府事兼五衛將)·돈녕부도정(敦寧府都正)을 역임하였다.