은진이라는 지명은 덕은(德恩)과 시진(市津)의 두 현이 합쳐서 생긴 것이다. 덕은군은 본래 백제의 덕근군(德近郡)이었는데, 신라 경덕왕 때 덕은(德殷, 고려 초부터는 덕은으로 표기함)으로 고쳤다. 시진현은 본래 백제의 가지내(加知奈, 또는 加乙乃ㆍ薪浦)였는데, 신라 경덕왕이 시진으로 고쳐 덕은군의 영현으로 하였다.
1018년(현종 9) 덕은과 시진이 모두 공주에 속하였다가 1397년(태조 6) 다시 현을 두었다. 1406년(태종 6) 두 현을 합하여 덕은에 감무를 두었으며, 1419년(세종 1) 은진으로 고치고 현감을 두었다.
1646년(인조 24) 이성(尼城)ㆍ연산(連山)과 합하여 하나의 현이 되었다가 1656년(효종 7) 다시 나누어졌다. 1895년(고종 32) 군이 되었다가 1914년 행정구역 개편 때 논산군에 병합되어 은진면이 되었다.
조선시대에 은진은 금강유역에 있어 이곳에 있는 강경포(江景浦)의 강창(江倉)에 은진의 세곡을 모았고, 시진포(市津浦) 지역에는 노성(魯城)ㆍ연산의 창고가 있어 금강 유역의 물자를 수송하는 데 큰 구실을 하였다. 또한 황화대(皇華臺)와 강경대(江景臺)에는 봉수가 설치되었다.