1901년 5월 15일 평양 대동문 옆 미국 북장로교 선교사 모펫(S. A. Moffet, 한국명 마포삼열)의 자택에서 조선예수교장로회신학교로 개교하였다. 그 뒤 미국 남장로교, 캐나다장로교, 오스트레일리아 장로교 등 4개 선교회 연합으로 경영되다가 신사참배 반대로 1938년 폐교되었다.
신학교육을 중지할 수 없다고 판단한 대한예수교장로회 총회에 의해 1940년 다시 개교하여 교장에 채필근(蔡弼近)이 취임하고, 3년제 본과와 2년제 예과에 재학생 130여 명으로 광복 때까지 교육이 이루어졌다. 광복 후 공산치하에서 박해를 받으며 명맥을 유지하다가 6·25전쟁 전에 폐교되었다.
1948년 6월서울 남산에서 장로회신학교로 재개교하여 교장에 박형룡(朴亨龍)이 취임하였고, 1949년 대한예수교장로회 총회에서 평양의 대한예수교장로회신학교를 계승한 것으로 인준을 받았다. 1960년 4월서울시 광진구 광장동 현재의 위치로 교사를 이전하고, 1961년 2월대한예수교장로회신학대학으로 승격되었다.
1966년 대학원을 신설하고, 1973년 2월장로회신학대학으로 교명을 변경하였으며, 1980년 신학대학원을 신설하였다. 1993년장로회신학대학교로 교명을 변경하였고, 1995년 교역대학원·교육대학원을 신설하였다.
교훈은 ‘경건과 학문’이고, 대한예수교장로회 산하의 교회 목회자 양성을 교육목적으로 하고 있다. 국제교류로 미국 시카고의 맥코믹신학교(McCormick Theological Seminary)와 목회학 박사과정을 공동으로 운영하고 있다.
평생교육원에서는 초교파적인 각 교단 목회자의 평생교육을 위해 목회자아카데미를 개설해 운영하고 있다. 30여 개의 동아리가 활동하고 있고, 매년 5월 대학축제인 장신축제(長神祝祭)를 열고 있다. 1972년에 창간된 대학신문 『신학춘추(神學春秋) 』를 발간하고 있다.
2009년 현재 6개 대학원, 3개 학과에 학부생은 644명, 전임교원은 53명이다. 부속기관으로 생활관·박물관·평생교육원·신학춘추 등이 있고, 부설연구기관에 기독교교육연구원·성서학연구원·통합신학연구원·세계선교연구원 등이 있다.