1894년(고종 31) 7월 22일 궁내부관제를 제정할 때 종친부(宗親府)를 종정부(宗正府)로 개칭하고, 종친을 대우하기 위하여 옛날과 같이 대군(大君)·군(君)·영종정부사(領宗正府事)·판종정부사(判宗正府事)·지종정부사(知宗正府事)·경(卿)·도정(都正)·정(正)·주부(主簿)·직장(直長)·참봉(參奉) 등의 직을 두었다.
그러나 1895년 4월 2일 궁내부관제를 개정할 때 장례원(掌禮院) 소속의 한 사(司)로 하여 장(長) 1인(주임), 주사 2인을 두어 종실사무와 『선원보첩(璿源譜牒)』의 수정 등을 담당하게 하였다.
그 해 11월 10일에는 종정사(宗正司)를 장례원에서 분리하여 종정원으로 개칭하고 경(卿) 1인(칙임), 주사 4인을 두었다. 1905년 종부사(宗簿司)로 개칭하였다.