1904년 진도읍 동외리 당동양사재(養士齋)에 사립 광신학교(光新學校)로 설립되었다. 1909년 3월 공립으로 개편되어 진도공립보통학교로 교명을 개칭하고, 수업연한 4년에 4학급으로 편성하였다. 가마골에 교사(校舍)를 마련하여 개교하였으며, 1910년 제1회 졸업생 10명을 배출하였다.
1912년 11월 화재로 전교사가 소실되어 1914년 현재의 위치로 교사를 이전하였다. 1920년 최초로 여학생 1명이 입학한 뒤 1923년 4월에 여학생반을 편성하였으며, 1925년 4월에는 6년제로 개편하였다.
1938년에 진도공립소학교, 1941년에 진도공립국민학교로 개칭되었고, 1943년 11월에 실화로 본관이 전소되었다가 그 뒤 교사를 신축하였다.
광복 후 진도국민학교로 개칭하였으며, 총동문회에서 60주년 기념사업을 추진하여 학습공원화와 장학탑을 건립하였고, 1984년 12월에는 실내체육관을 준공하였다. 1996년 3월 진도초등학교로 교명을 변경하였다.
1999년 4월 군내초등학교를 통합하였다. 2004년 4월 개교 100주년을 맞이하였다.
2013년 현재 특수학급 1학급을 포함하여 32학급에 재학생 761명이 재학하고 있으며, 김종환 교장과 석종안 교감을 포함하여 교직원 96명이 재직하고 있다.
교육목표는 ‘바른 인성으로 이웃을 배려하는 착한 학생(심력), 스스로찾아 배우며 실력을 쌓아가는 똑똑한 학생(지력), 좋은 습관 행동으로 몸이 건강한 튼튼한 학생(체력), 소질과 특기를 살려 자기다움을 키우는 재능 있는 학생(자기 관리 능력), 더불어 사랑하고 봉사하는 멋있는 학생(인간관계 능력)’의 양성을 목표로 하고 있으며, ‘예절 바른 생활 습관 기르기, 기초·기본 학력 키우기, 개인 체력 관리하기, 특기·적성 교육 강화하기, 공동체 활동으로 배려심 기르기’ 활동에 교육중점을 두고 있다. 이를 위해서 3분 명상, 자기성취 목표제, 속해독서법(학습 9단계), 논술토론학습, 1인1운동, 노동실천하기(진로교육), 1인1악기 연주, 영어회화 능력향상, 개별·조별·단체 봉사활동, 친구 만들기 등을 실천하고 있다.
특색교육활동으로는 ‘사교육 절감형 창의경영학교 운영, 창의력과 인성을 기르는 독서·토론문화 형성, 마음과 몸을 가꾸는 다이아몬드칼라(5H) 프로그램 전개, 다양한 축제 문화를 통한 행복한 학교 가꾸기’을 통해 진도의 역사와 전통에 빛나는 학생들을 육성하고 있다.
미래사회를 대비하는 교육에 초점을 두어 현대식 기재와 설비를 갖춘 어린이방송실·컴퓨터실·어학실, 과학실·도서실을 운영하고 있으며, 교육과정 운영의 지역화 방안으로 이 고장 호국전적지인 명량대첩의 이충무공의 얼, 용장성을 웅거지로 대몽항전을 폈던 삼별초의 얼, 서화창악(書畵唱樂)에 뛰어난 전통예술의 얼을 계승, 발전시키도록 자료를 개발, 활용하고 있다.
전라남도교육위원회로부터 미술과 연구학교를 지정받아 서예와 한국화 부문에서 학생들의 소질과 특기를 길러 예술의 고장 진도의 발전에 공헌하였다.
교육부지정 연구·시범·협력학교를 운영하였으며, 전라남도교육위원회 교육감으로부터 학교경영우수학교로 표창을 받았다. 육상부와 국악부 학생들이 활발하게 활동하고 있다.
2013년 2월 14일 제104회 졸업식을 거쳐서 총 18,617의 졸업생을 배출하였으며, 2012년 3월 1부터 2014년 2월 28일(2년간)까지 전교생 842명을 대상으로 ‘가르침·배움·참여의 하모니를 통한 모두 함께 만족하는 행복한 학교 만들기’의 연구학교를 진행하고 있다.