조선예수교장로회 공의회가 교역자 양성을 위한 신학교의 설립을 결의함에 따라1901년 5월 15일 평양 대동문 옆 모펫(S. A. Moffet, 한국명 마포삼열) 선교사의 자택에서 조선예수교장로회신학교로 개교하였다.
첫 학생은 방기창·김종섭 2명이었고, 1907년 6월 제1회 졸업생으로 서경조·방기창·한석진·양전백·송인서·길선주·이기풍 등 7명을 배출하였다. 1908년 미국인 여성 맥코믹(Nettie F. Mccomick)의 기부금으로 평양 하수구리에 교사를 신축하고 이전하였다.
1918년 3월 학술연구지 『신학지남(神學指南)』을 창간하였고, 1938년 신사참배 거부로 일제에 의하여 폐교되었다가 광복 후 제35회 대한예수교장로회 총회 결의에 의하여 1948년 5월 서울 남산에서 장로회신학교로 재개교하였다.
1951년 대한예수교장로회총회신학교로 개편하고 대구시 중구 대신동으로 교사를 이전하였다가 1953년 다시 서울 중구 회현동으로 교사를 이전하였으며, 1955년 4월 재단법인 대한예수교장로회신학교가 인가되었다. 1965년 서울 동작구 사당동 현재의 위치에 교사를 신축하여 이전하고, 1969년 4년제 정규대학인 총신대학으로 개편하였다.
1978년 대학원, 1980년 신학대학원을 신설하였으며, 1987년 신학대학원 박사과정을 개설하였다. 1983년 경기도 용인시 양지면 제일리에 양지캠퍼스를 준공하였고, 1995년 3월 총신대학교로 교명을 변경하였다. 1996년 선교대학원, 2001년 사회복지대학원·상담대학원을 신설하였다.
교훈은 ‘신자가 되라, 학자가 되라, 성자가 되라, 전도사가 되라, 목회자가 되라’이다. 대한예수교장로회 산하 교회를 위하여 봉사할 유능한 목회자와 평신도 지도자의 양성, 세계 선교의 요람지 구축, 캘빈주의적 학문의 정립, 청교도적인 훈련 도장 구축 등을 교육목표로 하고 있다.
매년 5월에 총신축전을 열고 있으며, 30여 개 동아리가 활동하고 있다. 대학신문으로 『총대신보』와 『Chongshin Guide-light』가 있다. 미국·브라질·남아프리카 등의 해외 대학들과 자매결연을 맺고 학술교류, 학생교류 등을 시행하고 있다.
2015년 현재 8개 대학원(양지캠퍼스 신학대학원 포함), 10개 학과(계약학과 별도)를 운영하고 있다. 부속기관에 부속유치원·도서관·평생교육원·문소기독교박물관·영적지도자훈련원 등이 있고, 부설연구소에 기독교교육연구소·교회선교연구소·교회음악연구소·성지언어연구소·중독재활상담연구소·다문화연구소 등이 있다.
제1캠퍼스인 사당캠퍼스에는 종합관, 제2종합관, 신관, 생활관 등의 건물이 있으며 양지캠퍼스에는 본관, 도서관, 100주년기념예배당, 소래교회, 생활관 등이 있다. 생활관은 사당캠퍼스 2개동, 양지캠퍼스 3개동 총 5개 동으로 구성되어 있고, 사당캠퍼스는 303명, 양지캠퍼스는 1,384명을 수용할 수 있다.