1434년(세종 16) 그 이전까지 책록된 개국(開國)·정사(定社)·좌명공신(佐命功臣)을 대우하기 위하여 운영한 개국공신도감을 계승, 개칭한 공신도감을 이어받고, 이성제군부(異姓諸君府)의 수령관이 예겸(例兼)한 지사·도사 및 녹관인 승(丞)·녹사(錄事)의 관원을 두면서 성립되었다.
이후 1437년 6월 이성제군부 수령관이 예겸하던 지사·도사를 돈녕부 등의 관원이 겸대하도록 개정, 1444년 7월 이성제군부는 부마부(駙馬府)로 이름을 고치고 이성제군부의 관장사를 이관받았다.
1454년(단종 2) 1월 “의정부에서 충훈사는 대군·부원군의 아문인데 그 녹관의 질에 따라 참외아문이 되니 옳지 아니하다. 청하건대, 부마부의 예에 따라 충훈부로 승격하소서.”라는 상계에 따라 충훈부로 승격, 개칭되면서 소멸되었다.
공신의 대우, 범죄를 범하여 피주된 공신의 봉사(奉祀) 및 삭적된 공신의 공신노비추쇄 등의 업무를 관장하였다.