정면 4칸, 측면 4칸의 합각지붕건물이다.
의주읍성(義州邑城)에서 제일 높은 압록강 기슭 삼각산(三角山) 봉우리에 자리잡고 있는데, 서북방위의 거점이었던 의주읍성의 북쪽 장대(將臺)로서 군사지휘처로 쓰였다. 통군정에 올라서면 이끼 푸른 의주성의 옛 성벽이 눈앞에 보이고, 아래로는 압록강의 푸른 물 가운데에 점점이 떠 있는 여러 섬들이 굽어보인다.
서쪽으로는 멀리 신의주·용암포(龍巖浦) 일대가 바라보이며, 남쪽으로는 ‘의주금강(義州金剛)’으로 불리는 석숭산(石崇山)과 백마산(白馬山) 일대의 크고 작은 산봉우리들이 한눈에 들어와 예로부터 관서팔경(關西八景)의 하나로 꼽혔다.
정확한 건립연대는 알 수 없으나 조선 초기까지 의주성 안에 있던 봉수대의 이름이 ‘통군정’이었다는 점으로 보아 이 곳에 정자를 짓고 그 이름을 그대로 쓴 것으로 보인다.
1538년(중종 33)에 의주목사 한천손(韓千孫)이 개축하였고 1823년(순조 23)에 보수하였는데, 평면이 정방형에 가깝고 바닥에는 앞 부분 절반에만 단을 주어 널마루를 깔았다.
바닥 주춧돌 윗면에서 아랫마루까지의 높이는 71㎝, 아랫마루에서 윗마루까지의 높이는 33㎝로서 앞은 높고 뒤는 낮게 하였다. 7도리(道里)의 너비에 통천장으로, 모든 부재들에 조각장식을 붙여 내부를 시원하고 화려하게 하였다.
특히, 이 건물에서는 목재를 적게 쓰면서도 건물의 입체적 강도를 높이기 위하여 대들보를 겹으로 하고, 동자주(童子柱 : 세로로 세운 짧은 기둥) 대신 제공(諸貢)으로 틀어올렸다. 우리나라 누각건물을 대표하는 유적의 하나로서 6·25 때 피해를 입었으나 전후 복구되었다.