대한민국의 교육이념과 기독교 정신을 바탕으로 참된 지성과 창의적 전문성을 갖춘 전인적 글로벌 인재를 육성하고 국가와 세계 인류사회 발전에 기여함을 교육목적으로 한다.
차병원을 모체로 하여 1996년 10월 학교법인 성광학원에서 포천중문의과대학교 설립 인가를 받았고, 1997년 3월 포천중문의과대학교가 개교하였다. 1999년 9월 구미차병원을 본교 부속병원으로 편입하였으며, 2000년 7월 대체의학대학원과 보건대학원의 설립인가를 받았다. 2009년 3월 포천중문의과대학교에서 차의과학대학교로 교명을 변경하였다.
인류에게 희망을 주는 대학이라는 비전을 가진 보건의료 · 의생명융합 특성화 대학으로서 줄기세포 및 인간유전체, 불임생식 연구 분야에서 세계적인 수준의 원천기술을 확보하고 있다.
또한 기초학문을 연구하고 원천기술을 개발하는 ‘연구소’, 이를 임상에 적용할 ‘병원’, 산업화를 담당할 ‘기업’의 3가지 핵심 연계기관을 보유한 특징을 가진 국내 유일의 대학으로서, 미래 기초의학 원천기술의 지속적인 개발과 산업화에 앞장서는 글로벌 연구중심대학으로 성장하고 있다.
2024년 기준 대학원은 9개 대학원(의학전문대학원, 일반대학원, 보건산업대학원, 통합의학대학원, 미술치료대학원, 임상약학대학원, 경영대학원, 스포츠의학대학원, 임상상담심리대학원), 7개 단과대학(차오름교양대학, 간호대학, 약학대학, 미래융합대학, 융합과학대학, 건강과학대학, 생명과학대학)으로 구성되어 있다. 부속기관은 도서관, 생활관, 보건소 등이 있으며 부설연구기관으로 암연구소, 줄기세포연구소, 생식의학연구소, 바이오산업연구소, 종합약학연구소 등이 있다. 부속병원은 구미차병원이고 협력병원으로 강남차병원, 분당차병원, 분당차여성병원, 대구차여성병원, 차병원여성의학연구소, Hollywood Presbyterian Medical Center(LA) 등이 있다.
미국의 캘리포니아대학교 로스앤젤레스캠퍼스(UCLA), 컬럼비아대학교, 호주 모나쉬대학교 등과 자매결연을 맺고 있다. 차울림, 차콰이어 등의 동아리가 활동 중이며, 매년 9월경에 ‘CHA CHA축제’가 열린다. 대학 캠퍼스는 경기도 포천시 해룡로 120에, 대학의 연구기관은 경기도 성남시 분당구 판교로 335에 위치하고 있다.