전국의 각 대학박물관이 서로 제휴하여 매장유산 발굴 등에 대한 국립중앙박물관 중심의 관주도 내지는 독주정책을 견제하기 위하여, 1961년 5월 5일 고려대학교 박물관장 김정학(金廷鶴) 등이 주동이 되어 창립하였다.
창립 당시 18개교 박물관을 회원으로 출발하여 2011년 현재 106개의 대학박물관이 가입되어 있다. 총회에서 선거권과 피선거권 및 의결권은 회원교 대학박물관 관장이 행사한다. 협회 사무실은 임기 2년의 회장교 박물관 내에 두고 있으며. 협회운영의 실질적인 사안들에 대해서는 회장교와 부회장교 및 간사교의 박물관장들로 구성된 간사교 회의에서 주로 토의된다.
그러나 업무를 지속적으로 추진하고 전담하여 집행할 수 있는 상임요원이 없어 협회 차원에서 타개하여야 할 대학박물관의 현안들을 능동적으로 처리하지 못하는 등 친목단체적인 성격을 짙게 띠고 있었다. 그러나 최근 지역별 연대와 모임을 모색하고 대학박물관의 현안과 과제에 공동으로 대처하는 등 활성화되고 있다.
총회는 학술강연회와 함께 1981년까지 매년 1회 개최하다가, 1982년부터 춘계와 추계의 2회로 늘어났으나, 1990년 추계총회에서 다시 연 1회 실시하기로 의결되었다.
1962년에 발간되기 시작한 협회 학술지인 『고문화(古文化)』는 1982년부터 연 2회로 증간되었다. 주로 고고학과 미술사 및 박물관학에 관한 전문적인 논문을 싣고 있다.
그리고 1963년부터 매년 총회 주관교에서(1982년부터는 춘계총회 주관교) 각 대학박물관의 대표적인 소장품을 출품받아 연합전시회를 개최하고 있으며, 특히 국립박물관이 설립되어 있지 않은 지방소재 대학에서의 이 행사는 당해 지역사회 주민들에게 실물 문화유산을 통한 전통문화의 교육과 선양에 적지 않은 기여를 하였다.
2005년에는 이화여자대학교박물관과 연세대학교박물관에서 한국대학박물관 45년 발굴유물 연합전시로 『대학박물관-새로운 역사의 발견자』를 개최하였다. 이 전시는 전국의 대학박물관이 45년간 발굴한 주요 유적의 유물 약 920여 점을 전시한 대규모 전시였다.