1956년 4월에 미국 남장로교 한국선교회 유지재단에서 대전기독학관으로 설립하였다. 설립 당시 수업연한 4년에 성(聖)문학과·영어영문학과·화학과에 학생정원 360명으로 편성하였다. 1959년 2월에 정규대학인 대전대학으로 인가를 받고 초대 학장에 윌리엄 린튼(William A. Linton, 印敦)이 취임하였다. 이와 동시에 교사를 현재의 위치로 신축, 이전하고 외국어 및 기초과학교육에 심혈을 기울여 외국인 교수 확보와 충분한 실험실습기재를 갖추었다. 1970년에는 서울의 숭실대학(崇實大學)과 통합하여 숭전대학(崇田大學)으로 발족하였고, 1971년 종합대학교로 개편하여 1983년까지 서울과 대전 양 캠퍼스로 운영하여 왔다.
한편 독자적인 대학운영이 지역사회의 열망에 부응하고 학문탐구와 문화창달로써 국가와 사회에 봉사할 수 있는 유능한 인재를 양성할 수 있다는 판단에 따라 1983년부터 대전캠퍼스를 분리하여 한남대학으로 새로운 출발을 하게 되었다. 학교법인 대전기독학원을 설립, 초대 학장에 오해진(吳海鎭)이 취임하였다. 1985년 11월에 종합대학교로 개편되어, 총장에 이원설(李元卨)이 취임하였다.
2006년 4월 개교 제50주년 기념 감사예배가 있었으며, 린튼기념공원을 조성하였다. 같은 해 12월 대덕밸리캠퍼스 창업보육센터를 완공하였다.
2017년 현재 5개 대학원, 7개 단과대학에 3개 독립학부, 49개 학과(전공)가 설치되어 있다. 재학생 13,290명(2016년), 전임교원 434명(2016년)이 있다.
부속기관으로 중앙도서관·중앙박물관·자연사박물관·평생교육원·출판부·생활관(기숙사)·예비군연대가 있다. 부설연구원으로 인돈학술원·한남학술연구원이 설치되어 운영 중이다.
‘진리, 자유, 봉사’를 교훈으로 삼아 ‘덕성과 인성을 갖춘 도덕적 지성인 양성, 시대를 선도하는 창의적 전문인 양성, 국가와 지역사회 발전에 봉사하는 지도자 양성’을 교육목표로 하고 있다.
매년 5월 ‘청림대동제’를 개최하며, 80여 개의 동아리와 탁구·레슬링·배드민턴 등 운동부를 중심으로 활발한 학생활동이 이루어지고 있다. 대학신문은 『한남대학신문』이 주간 8면으로 발간되고 있고, 영자신문 『The Hannam Time』를 계간으로 발행하고 있다.
미국의 성(聖)앤드루(Andrew)대학·린치버그(Linchburg)대학·카제이대학·캘리포니아주립대학·시애틀 퍼시픽대학 등 13개 대학, 일본의 시코루 학원대학·오끼나와대학, 대만의 퉁해대학, 타이의 방콕대학 등 총 26개 해외대학과 자매결연을 하고 있다.