1989년 12월 학교 법인 함주학원(咸洲學園) 설립인가를 받아 1991년 10월 이학관·공학관·학생회관 등 1차공사를 하였으며, 1992년 2월 기숙사를 준공하여 1992년 3월 개교하였고, 1995년에는 대학원을 설립하였다.
2001년 5월 비행교육원을 개원하였으며, 2002년 4월에 개교 10주년 기념식을 거행하였다. 2003년 4월 한서대학교 항공교육시설 태안비행장을 착공하였으며, 같은 해 7월 항공교통관제교육원을 신설하였다.
2022년 현재 6개 학부, 35개의 학과가 설치되어 있다. 대학부속기관으로 비행교육원, 항공기술교육원, 항공교통관제교육원, 교양교육원, 평생교육원, 어학교육원, LB어학교육원, 해양스포츠교육원, 재난안전교육원, 교육혁신원, 연암도서관, 학사관(기숙사), 박물관, 학생상담센터, 보건진료소, 국제수산과학연구원, 예비군대대, 공군학군단이 있다. 부설연구기관으로 항공기술연구소, 글로벌인재교육연구소, 디지털트윈미래연구소, 환경연구소, 국가안전연구센터 등 21개의 연구기관이 있고, 그 밖에도 산학협력단 산하 항공사업센터, 항공해양창업보육센터, 한서디자인융합센터 등이 있다.
‘창의, 신념, 공헌’을 건학이념으로 하여 ‘고도의 정보화 사회와 국제화 시대에 부응하는 인재 육성, 전문화-정보화-세계화에 대비한 특성화된 실용교육, 학·연·산 협동체제를 통한 국가와 지역사회 산업발전에 기여, 열린교육·평생교육구현을 통한 학문발전 기여, 건전한 대학문화육성을 통한 사회의 문화발전 선도’를 교육목표로 하고 있다.
동아리를 중심으로 활발한 학생활동이 이루어지고 있으며 9월에 대학축제인 ‘오마동대동제’를 개최하고 있다. 미국 캘리포니아 주립대학외 3개대학, 일본의 메지로대학교[目白大學校], 스페인의 바르셀로나대학, 중국의 동베이민족학원[東北民族學院], 호주의 로열멜버른공과대학(Royal Melbourne Institute of Technology) 등의 자매결연대학들과도 활발한 국제교류를 하고 있다.