1905년 4월 남포공립보통학교에서 분리되어 개교하였다. 1909년 5월 보조보통학교로 지정되었으며, 1911년 2월 갑종보통학교로 승격되었다. 1917년 11월 화정공립보통학교, 1928년 2월 웅천공립보통학교, 1938년 4월 웅천공립심상소학교로 각각 개칭되었다. 1941년 4월 황교 간이학교(1934년 5월 개교)를 황교분교장으로 통합하였다. 1943년 4월 웅천공립국민학교로 개칭되었다.
해방 이후 1946년 1월 웅천국민학교로 개칭되었으며, 1948년 1월 본교의 황교분교장을 황교국민학교로 승격시켜 분리하였다. 1948년 4월 본교에서 수부국민학교가 분리되었다. 1967년 3월 본교에서 대창국민학교를 분리·승격(10학급)하였으며, 1970년 관당국민학교를 분리·승격하였다. 1996년 3월에 웅천초등학교로 개칭되었다. 1999년 9월 수부초등학교를 다시 웅천초등학교에 통폐합하였다.
교훈은 ‘착하고 슬기롭게’이며, 교목은 은행나무, 교화는 배롱나무꽃이다. 교육지표는 ‘꿈을 키우는 교육, 사랑을 실천하는 학교’이다. 2007년 충남 보령교육청지정 학력신장연구학교로 선정된 바 있다.
2010년 현재 특수학급 1학급을 포함하여 7학급이 개설되어 있고, 병설유치원 1학급이 편제되어 있다. 본교는 남학생 39명과 여학생 30명 총 69명이 재학 중이며, 병설유치원 1학급 남자 15명, 여자 6명 등 21명이 재원 중이다. 본교 교직원은 교원 14명과 행정직원 4명 총 18명이 재직 중에 있다. 2010년 2월 제91회 졸업식을 거행하였으며, 지금까지 누적된 졸업자 수는 총 9,130명이다.