일제 당국의 공립보통학교 중심의 식민지 교육정책에 의해 설립되었다. 사립지평학교를 인수해서 1916년 3월 27일 설립인가를 받아 1916년 5월 15일 4학년 2학급의 지평공립보통학교로 개교하였다. 1927년 광탄공립보통학교, 1938년 용문공립심상소학교, 1941년 용문공립국민학교로 교명을 변경하였다.
1945년 조현분교장, 1946년 다문분교장을 설치하였는데 1947년 각각 조현국민학교, 다문국민학교로 분리되었다. 1982년 병설유치원을 개원하였고, 1996년 용문초등학교로 교명을 변경하였다.
지역 사회의 물적·인적 자원을 활용한 방과 후 교육을 시행하고 있고, 양평3사랑운동, 양평3얼교육 등 지역의 정체성 함양 교육에도 힘쓰고 있다. 2006년 용문글향기도서관을 개관하는 등 학생들의 독서 활성화에 힘쓰면서, 독서교육우수학교·도서관우수학교로 선정되기도 하였다.
또한 농산어촌 학생의 실질적 교육 기회 보장을 통해 도·농간 교육 격차를 해소하기 위한 돌봄학교를 운영하고 있으며, 육상부가 2008년 양평육상대회에서 우승하는 하는 등 학생체육 활성화에도 노력하고 있다. 2010년 6월 현재 6학급에 총 20명의 학생이 재학하고 있으며, 교직원은 22명이 재직하고 있다.2010년 2월 제92회 졸업식을 하였다.