을사조약 이후 교육을 통해서 국권을 회복하고 조국을 근대화시킬 수 있는 실력을 양성하자는 교육구국운동 차원에서 설립되었다. 1906년 5월 5일 교동향교 내 사립화개농업학교로 설립되었다. 1911년 사립교동보통학교로 교명을 변경하였다가 1912년 4년제 교동공립보통학교로 전환되었다. 1926년 학생 증가로 교사가 협소해지면서 현재의 위치에 단층 목조건물을 신축하여 이전하였다.
1935년 2년제 난정간이학교(현 난정초등학교)를 부설하였고, 1946년 상방·지석분교장을 설치하였다. 1991년화동초등학교를 통폐합하였고, 1996년교동초등학교로 교명을 변경하였다.
교훈은 ‘바르며 건강하고 꿈을 가꾸는 어린이’이다. 특색사업으로 전통문화 체험을 통한 우리의 얼 알기와 독서 인증제를 통한 학력 신장을 도모하고 있다. 또한 학생의 소질·적성 계발 및 특기 신장의 기회를 제공하고, 학부모의 사교육비 경감을 위해서 학교의 시설 및 지역 사회의 인적 자원을 활용하는 특기적성 교육에 힘쓰고 있다.
2010년 6월 현재 특수학급 1학급을 포함하여 7학급에 53명의 학생이 재학하고 있으며, 교직원은 27명이 재직하고 있다. 2010년 2월 제97회 졸업식을 하였고, 총 6,302명의 졸업생을 배출하였다.