1946년 9월 10일 옹진고등성경학교로 설립 개교하였다. 1947년 3월 30일 옹진복음농민학교로 개편하였고, 1949년 동광농업중학교로 3학급을 설립 인가 받았으며 설립자 겸 초대 교장으로 박용익 목사가 취임하였다. 그 해 5월 21일 제1회 졸업식을 거행하였다. 1950년 한국전쟁으로 임시 휴교하기도 하였으며 1953년 피난학교 자유지구로 현 위치에 개교하게 되었다. 1962년 8월 29일 재단법인 동광학원을 재설립하였으며 1964년 1월 24일 학교법인으로 조직을 변경하였다. 2000년 12월 교사를 신·개축하였다.
교훈은 ‘하나님을 사랑하자, 사람을 사랑하자, 흙을 사랑하자’이며, 교목은 소나무, 교화는 개나리이다. 교육목표는 건강인, 도덕인, 창의인, 세계인 양성을 통한 바른 인성을 갖춘 실력 있는 동광인이다. 특색사업으로 올바른 인성을 기르기 위한 ‘내 꿈을 찾아서’ 인성록을 작성하고 있으며, 매주 화, 수 전교생 독서 시간을 운영, 분기별 다독자 시상, 독서 기록장 작성 등을 통해서 독서 교육을 강화하고 있다.
2009년 10월부터 학교 통학버스를 운행하여 학생들의 안전한 등하교를 책임지고 있다. 누리단 활동이 이루어지고 있으며, 학급홈피 운영을 통하여 교사와 학생, 학부모간의 정보 공유를 활발히 하고 있다. 2010년 3월 현재 3학급에 학생 58명, 교직원 13명이다. 2010년 2월 제60회 졸업식을 하였고, 총 4,507명의 졸업생을 배출하였다.