1946년 10월 1일에 4년제 한림중학원으로 개설되었다. 1947년 12월 7일 한림공립초급중학교 인가를 받아 1948년 4월 16일 초대 김재형 교장이 부임하며 5학급으로 1948년 4월 19일 개교하였다. 1950년 4월 19일한림수산중학교(4년제)로, 1951년 9월 1일한림중학교(3년제)로 개편되었다. 1964년 2월 28일 남자중학교(9학급)로 인가를 받아 한림여자중학교를 분리하였다.
1974년 8월 30일 한림공업고등학교 구내에서 동명리로 교사를 신축하여 이전하였다. 2004년 3월 1일부터 2006년 2월 28일까지 과학교육 선도시범학교로 운영되었다. 2006년 3월 1일 북제주교육청 영재교육원을 설립하였다. 2006년 3월 1일부터 2008년 2월 28일까지 발명영재학급 설치 운영 및 흡연예방교육 시범학교로 지정되었다. 2010년 3월부터 발명교육 시범학교로 운영 중이다.
건강하고 도덕적이며 창의적인 사고로 큰 꿈을 키워가는 인간을 육성한다는 교육목표아래 교훈은 ‘참되게 배우고 바르게 행하자’로 되어 있다. 교목은 ‘향나무’이고 교화는 ‘금잔화’로 정하여 학교의 상징으로 삼고 있다. 특색교육으로 ‘탐라5백리 자전거 향토순례’를 3학년 전원과 교사, 학부모의 참여로 해마다 2박 3일간 실시하며 신사고를 가진 21세기 주인공으로서의 의지와 강한 체력을 가지도록 공동체험활동을 실시하고 있다.
학생활동으로 1학생 1자격증 갖기를 실시하며 컴퓨터, 한자, 외국어, 태권도 자격 계발활동을 통해 진로지도를 하고 있다. 2010년 3월 2일 현재 11개 학급으로 편성되어 있으며, 재학생은 358명이고 교원은 총 38명으로 구성되어 있다. 2010년 2월 제63회 졸업식을 하였으며, 총 12,279명의 졸업생을 배출하였다.