1945년 4월 1일 인천공립여자상업학교로 설립되었다. 1951년 3년제 월미여자중학교로 개편되었으며, 1956년 남인천여자중학교로 교명을 변경하였다. 1984년 현재 위치의 신축 교사로 이전하였다. 2002년 학교 급식소를 신축하고 2005년 전자도서관이 구축되었다.
교훈은 성실이고, 교화는 장미이며, 교목은 은행나무이다. 건전한 인성을 바탕으로 개성을 추구하는 자율적인 인간을 기르며, 기초능력을 토대로 창의적인 능력을 발휘하고, 새로운 가치를 창조하며 공동체 발전에 공헌하는 인간을 기르는 것을 교육목표로 하고 있다.
태권도부와 볼링부를 운영하고 있으며 좋은 성적을 내고 있다. 저작권 교육을 위한 연구시범학교를 운영하고 있으며, 이를 위하여 저작권 교육을 위한 인프라를 구축하고, 활동위주의 저작권 교육 프로그램을 구안하고 실행하고자 한다. 2010년 3월 현재 28학급에 학생 1,097명, 교직원 55명이다. 2009년 2월 제60회 졸업식을 하였고, 총 26,720명의 졸업생을 배출하였다.