1947년 10월 28일에 재단법인 해양학회가 학교 설립 인가를 받아, 1947년 12월 5일에 사립 방어진수산중학교를 개교하였다. 1959년 5월 14일에는 공립 방어진중학교로 개편되었다.
1990년 5월 21일에 신축교사로 이전하였고, 2003년 8월 25일에는 신축교사 2차 이전이 이루어졌다. 방어진중학교가 화정동으로 이전하자, 함께 있던 울산교육연수원도 다른 곳으로 이전하고 그 자리에 고래 도시 울산의 마스터플랜에 따라 고래생태체험관을 조성하자는 방안이 추진 중이다.
이에 대해 학교부지 기증자 이종산의 교육정신을 살리기 위해서는 유서 깊은 교육공간을 청소년문화원 등의 시설로 활용하는 것이 바람직하다는 의견도 만만치 않다. 이는 울산 동구 지역 학생들이 청소년문화원이 없어 경주나 양산 등지로 원정 교육을 가고 있다는 지적과 맞물려 있다.
교훈은 ‘열심히 배워서(勉學) 참된 사람이 되자(善行)’이다. 교목은 소나무이고, 교화는 철쭉이다. 소나무를 통해 굳은 의지를, 철쭉을 통해 고귀한 품격을 지향한다. 스핀(탁구) 동아리, 스메싱(배드민턴) 동아리, Real hoops(농구부), Epsilon(힙합댄스부) 등과 같은 동아리활동이 활발하게 이루어지고 있다.
2010년 3월 1일 현재 25학급으로 편성되어 있으며, 재학생은 841명이고 교직원은 총 42명으로 구성되어 있다. 2010년 2월 10일 제60회 졸업식을 하였고, 총 19,200명의 졸업생을 배출하였다.