부산진 유지들이 운영하던 사립 육영재(育英齋)가 부산진초등학교의 출발점을 이룬다. 사립 육영재는 육영학교로도 불렸는데 1899년 공립부산개성학교의 부산진 지교로 되었다. 공립부산개성학교는 1895년 부산경무관으로 재직 중이던 박기종이 부산유지들과 협의하여 1896년 현재의 영주동에 세운 사립부산개성학교가 재정난으로 1897년 공립학교로 인가된 초등과정과 중등과정을 겸한 학교였다.
1909년 부산진 지교는 사립부산진보통학교로 인가를 받아 개교하고 공립부산개성학교와 결별하였다. 사립부산진보통학교는 1911년 4월 공립학교로 이관되어 사립좌천학교를 흡수 통합하였고, 11월에 제1차 조선교육령에 따라 부산진공립보통학교로 교명을 바꾸었다.
1946년 4월 1일 부산진국민학교에서 성남국민학교가 분리되었다. 이외에도 분리된 학교는 1949년 9월 1일 성북국민학교 11학급, 1955년 5월 9일 광무국민학교, 1956년 4월 6일 전포국민학교, 1992년 10월 6일 부전국민학교 등이 있었다. 1996년 3월 1일 부산진초등학교로 이름을 고쳤다. 2009년 3월 1일 부산진초등학교에서 부산진유치원이 분리되었다.
교목은 은행나무, 교화는 장미이다. 교육목표는 ‘슬기롭고 성실하며 건강한 어린이’를 육성하는 것이다. 슬기로운 어린이는 창의인, 성실한 어린이는 도덕인이며 자주인, 건강한 어린이는 건강인을 뜻한다. 특색사업으로는 수학교구체험교실 운영과 독서교실 운영, 독립운동 했던 선배들 교육을 들 수 있다.
수학교구체험교실 운영은 공간 기하에 대한 감각을 길러주고 어떤 일부터 순차적으로 처리해야 할지에 대한 추론능력과 판단력을 기르기 위한 것이다. 독서교실 운영은 독서 의욕을 고취시킬 수 있는 독서환경을 조성하여 학생 중심의 다양한 독서 체험 활동을 하기 위한 것이다. 독립운동 했던 선배들 교육은 박재혁 의사를 비롯하여 독립운동을 했던 여러 선배들의 업적을 알게 하여 애교심과 애국심을 키우려는 것이다.
2010년 3월 현재 21개 학급과 특수반 2개 학급이며, 학생 491명, 교직원 42명이다. 2010년 2월 제98회 졸업식을 하였고, 총 3만 6,209명의 졸업생을 배출하였다.