1915년 3월 16일 설립 인가를 받아 같은 해 9월 6일 왜관 보통학교로 개교하였다. 개교 당시 1-4학년까지 2개 학급이었다. 1919년 4월 1일 학급을 증설하여 3학급을 편성하였다. 1922년 3월에 수업연한을 4년에서 6년으로 연장하고, 1938년 4월 1일에는 교명을 파산공립심상소학교로 개명하였다. 1941년 2월 18일 왜관남부공립심상소학교로 개명하였다가, 1941년 4월 1일 왜관공립국민학교로 개명하였다.
1945년 9월 1일 왜관남부공립국민학교로 개명하고, 이듬 해 다시 왜관공립국민학교로 이름을 바꾸었다. 1972년 6월 1일 특수학급 1학급을 개설하였고, 1979년 7월 14일 체육실 겸용 대강당을 준공하였다. 1983년 3월 1일 병설유치원 1개 학급을 개원하였다. 2009년 2월 13일에는 인조 잔디 운동장을 조성하고 초등거점 영어센터를 개관하였다.
교훈은 창의적인 능력을 발휘하는 사람이다. 교목은 꿋꿋한 자태로 내일을 향해 끊임없이 노력하자는 뜻에서 느티나무이고, 교화는 품위와 고상함을 지닌 긍지 높은 왜관 어린이로 키우자는 의미에서 백목련이다. 2010년 4월 현재 일반학급 38학급, 특수학급 2학급, 유치원 4학급 등 44개 학급에서 총 1,104명의 학생이 재학하고 있다. 교직원은 교원 63명, 일반직 24명 등 모두 87명이 재직하고 있다. 2010년 2월 제95회 졸업식을 하였다.