1912년 4월 15일 용궁공립보통학교로 개교하였다. 개교 당시 사립 용범학교의 학생을 인수 받아 3학급을 편성하였다. 당시 교장은 일본 사람이었고 한국인 교원 3명이 근무하였다. 1923년 4월 5일 여자 학급을 신설하여 총 6학급이 편성되었으며 이후 광복 전까지 18학급으로 증가하였다. 1937년 4월 1일 용주공립심상소학교로 개칭하였으며, 1940년 4월 5일 다시 용주공립국민학교로 개칭하였다.
광복 후 1946년 4월 5일 용궁공립국민학교로 개칭하고, 1996년 3월 1일 다시 용궁초등학교로 개칭하였다. 1977년 11월 1일 용궁중학교와 같이 학교를 현 위치로 이전하였으며, 1981년 3월 9일 병설유치원 1학급을 개설하였다. 1993년 2월 15일 학교 경영실적 종합우수학교로 표창을 받았다.
교훈은 ‘큰 뜻을 갖자’이다. 교목은 푸르고 씩씩한 기상을 본받자는 뜻에서 소나무로, 교화는 모든 일에 정열을 다하자는 의미에서 장미로 정하였다. 특색교육은 도서관을 활용한 아침 독서교육과, 갖춤, 돌봄, 나눔을 위한 방과 후 학교 운영이다.
2010년 4월 현재 초등학교 학급은 특수반 1학급을 포함하여 7학급, 유치원 1학급 등 8개 학급에 모두 81명의 학생이 재학하고 있다. 교사는 교장을 포함하여 12명, 직원은 행정실장을 포함하여 11명으로 모두 23명이 근무하고 있다. 2010년 2월 18일 제98회 졸업식을 하였고, 총 11,196명의 졸업생을 배출하였다.