1906년 10월 마을 유지인 김영선이 향교 재산의 보조로 자인군 진량면 금융조합 부지 안에 학생 수 30여명인 사립포명학교로 개교하였다. 그러나 1907년 교사로 채용한 일본인 교원이 퇴직함으로써 학교가 폐교되었다. 이후 다시 설립과 폐교를 반복하다가 1908년 자인면에 사는 이영선의 발의로 네 번째 사립배의학교가 자인면 사무소 내에 설립되었다. 당시 수업연한은 4년이었고 수신, 일어, 산술, 조선어 및 한문, 지리, 역사, 이과, 도화, 체조 등의 교과목을 가르쳤다.
1911년 7월 24일 공립보통학교로 설립 인가를 얻어 사립배의학교 조직을 변경 합병하여, 그해 9월 1일 자인공립보통학교를 개교하였다. 1945년 자인국민학교로 교명을 바꾸고, 1996년 3월 1일 다시 자인초등학교로 개명하였다.
교훈은 ‘바르게 참되게 굳세게’이며, 교목은 회화나무, 교화는 장미이다. 2010년 4월 현재 일반학급 9학급, 특수학급 1학급, 유치원 1학급에 모두 226명의 학생이 재학하고 있다. 교직원은 교원 17명, 일반직 10명 등 27명이 재직하고 있다. 2010년 2월 18일 제98회 졸업식을 하였고, 총 13,214명의 졸업생을 배출하였다.