1945년 12월 1일 제주향교에서 개교하였고 초대 교장에 현경호가 취임하였다. 1946년 12월 1일 제주초급중학교 6학급 설립인가를 받았고 1950년 6월 1일 「교육법」 개정에 따라 제주중학교로 교명 변경하였으며 9학급 증설하였다.
1955년 2월 28일 야간부 3학급을 병설하였고, 1967년 「교육법」 개정에 따라 제주향교 재단에서 분리, 학교법인 명륜학원을 설립하였다. 1972년, 1973년, 1975년, 1978년에 학급을 증설하였고 1986년 야간부를 폐지하며 학칙을 개정하고 주간 24학급으로 증설하였다.
1988년 10월 20일에 강영민 박사가 이사장에 취임하였다. 1995년 학교법인 제주아남학원으로 개명하였고 1996년 12월 1일 정보화교육 분야 우수학교로 선정되었다. 1997년 10월 1일 급식소를 개소하였으며 그해 12월 제주시 환경 정비 평가 최우수상을 수상하였다. 1998년 10월 28일 제주도교육청지정 문화예술교육 시범학교로 지정되어 운영 발표하였고 2001년 4월 2일 36명에게 4.3 명예졸업장을 수여하였다. 2008년 2월 1일 2007학년도 학교평가 최우수 학교에 선정되었다.
‘미래를 준비하는 교육·기본이 바로 선 학교’라는 교육목표 아래, 교훈은 ‘명륜(예의롭게), 창조(슬기롭게), 건강(건전하게)’이다. 교목은 동백나무, 교화는 동백꽃이며 교조는 독수리, 교색은 코발트색이다. ‘우리는 실력으로 승부한다. 우리는 서로 존중한다. 우리는 미래를 창조한다’는 제중인의 긍지를 바탕으로 자주성과 도덕성, 창조성을 고루 갖춘 인재를 양성하여 국가 발전에 이바지함을 건학이념으로 하고 있다.
현재 도서관 및 독서교육 운영으로 도서관 신문 「책벌레」를 매월 발행하고 있으며, 교내 수학, 과학 경시 대회, 영재학급 및 희망학생에 대하여 면접을 통한 선발과 참여로 대회에서 우수한 성적을 올리고 있다. 학교 폭력 예방을 위해 ‘Do Dream!'을 점심시간과 방과 후 시간을 이용하여 운영하고 있다.
2010년 3월 2일 현재 24학급으로 편성되어 있으며, 재학생은 988명이고 교원은 48명으로 구성되어 있다. 2010년 2월 제65회 졸업식을 하였고, 총 19,501명의 졸업생을 배출하였다.