1947년 2월 14일 통영협성농상학원의 학생과 재산을 인수하여 통영상업중학교로 개교하였다. 1948년 8월에 재단법인 송촌학당 및 통영상업초급중학교로 인가받았다. 1951년 8월에 용화중학교로 교명을 변경하였고, 1954년 5월에 통영동중학교로 교명을 변경하였다. 1964년 4월에 재단법인에서 학교법인으로 변경되었다. 2000년 12월 학교법인 동원송촌학당으로 변경 승인을 받았다. 2012년 3월 통영동중학교에서 동원중학교로 교명이 변경되었다. 2012년 9월 정량동에서 광도면 죽림리로 교사를 신축, 이전하였다.
교훈은 ‘애써 힘을 기르자, 책임을 다하고 바르게 살자, 사랑하고 봉사하자’이며, 교육목표는 따뜻한 감성과 창의력을 겸비한 미래 지향적인 인재를 육성하는 것이다. 교목은 소나무, 교화는 동백꽃이다. 특색사업으로 전교생 악기연주 교육을 실시하여 통영국제음악제 프린지 행사 등을 비롯한 다양한 공연에 참가하고 있다.
2010년 4월 현재 12학급으로 구성되어 있으며, 학생 444명, 교원 20명이다. 2010년 2월 제62회 졸업식을 하였고, 총 13,854명의 졸업생을 배출하였다.