1948년 1월 11일 재단법인 함창중학원 설립인가를 받아 초대 김재천 이사장이 취임되었다. 또한 같은 해 함창초급중학교를 설립 인가 받았다. 2월 5일 함창초급중학교로 개교되었으며, 초대 김한종 교장이 취임하였다. 1949년 교명을 함창중학교로 개명하였다. 1952년 함창고등학교가 개교하였다.
1953년 1학급 증설 인가를 받아 9학급으로 된 후, 1964년 학교법인 함창 교육재단으로 개편 인가 받았다. 1968년에는 2학급을 더 증설하여 총 15학급이 되었으며, 1968년 2층교사 12교실을 준공하였다. 1990년 독서실을 설치, 1993년 강당을 준공하였으며, 1995년 학생 생활관을 준공하였다. 또한 1999년과 2000년 각각 급식실과 음악실을 준공하였다.
함창중학교의 건학이념은 ‘교학상장(敎學相長)’으로써, ‘스승은 가르침으로 성장하고 제자는 배움으로써 진보한다.’는 『예기(禮記)』의 「학기(學記)」편에 나오는 구절을 이념으로 삼고 있다. 교훈은 ‘성질, 긍지, 창조’이며 교목은 은행나무, 교화는 목련으로 지정하고 있다. ‘21세기형 경쟁력을 갖춘 인재를 양성하는 최고의 명문 사학이 된다.’는 비젼을 가지고 있다.
2003년에 기숙사가 준공되었으며, 2004년 교사동 준공과, 함창중·고등학교 ‘청람도서관’을 개관하였다. 2005년 스탠드 및 조례대가 준공되었다. 2010년 3월 현재 6학급 127명이 재학중이며, 교직원은 16명이다. 2010년 제61회 졸업식을 하였고, 총 11,463명의 졸업생을 배출하였다.