1993년 11월 연안항으로 지정된 후 1996년 9월에 제1차 항만기본계획이 고시되었으며, 1998년 9월 선착장, 호안도로 등 항만 건설공사를 시행하였고, 12월에는 문화재 현상 변경으로 재설계를 실시하였다. 2001년 7월에는 홍도항 정온도 및 방파제 재검토에 대한 용역을 실시하였고, 2002년 12월에는 제2차 전국연안항 항만기본계획을 고시하였으며, 2006년 3월부터 2007년 10월 사이에는 여객터미널 기본 및 실시설계를 하였다.
방파호안과 방파제가 200m, 물양장 66m, 선착장 177m로, 2006년 하역능력은 10만 천 톤이었다.
목포∼비금∼도초∼흑산∼홍도·가거도 항로에 7척의 선박이 운항되는데, 홍도와 목포와의 1일 여객선 운행은 홍도에서 목포로 3회, 홍도에서 목포로 2회 운행되고 있다. 2008년 홍도∼목포 간에 8척의 내항 여객선이 76만 1,491명을 수송하였다.