대흑산도항은 1970년 7월 제2종 항만(현재의 연안항)으로 지정되어 1981∼1988년 사이에 320m의 남방파제를 축조하였고, 1989∼1995년 사이에 250m의 북방파제를 축조하였다. 그 후 1996년 9월에 제1차 항만기본계획 고시를 하였으며, 1996∼1997년 사이에 140m의 동부두(보안부두)를 축조하였다.
또 1998∼2001년 사이에는 190m의 카페리 부두를 축조하였으며, 2001년 12월에는 대흑산도항 정비 실시 설계용역을 하였다. 2002년 12월에는 제2차 전국 연안항 항만기본계획 고시를 하였으며, 2004년 7월에는 대흑산도항 정비공사를 착공하여 서남해안의 어업전진기지 및 다도해 해상국립공원 일원 여객선 기항지로서 뿐만 아니라 긴급 대피항으로서의 역할을 하고 있다.
대흑산도항은 안벽이 330m, 방파제 1,438m, 물양장 1,597m로 잔교가 4기이고, 접안능력은 두 척으로 5,000DWT, 1,000DWT가 각각 한 척으로 하역능력은 65만 1천 톤이다.
2009년 대흑산도항에는 홍도·가거도∼흑산∼도초∼비금∼목포 간에 한 개 항로에 내항 여객선 운항되고 있다. 2006년 여객수송량은 33만 4,509명이다. 육지에서 멀리 떨어진 중형규모의 도서항으로 주민생활에 필요한 생필품 등의 잡화화물이 목포항으로부터 반입되고 수산물 등이 반출되고 있다.