1965년 경남 맹아 학원으로 설립 인가를 받은 후, 1972년에 혜성 구화학교 설립 인가되어 그해 초등 6개 학급으로 개교되었다. 1977년에 중학부가 1986년에는 유치부가 설립 인가 되었으며 1997년에는 고등부, 1999년에는 순회학급이 그리고 2010년에는 영아반이 설치 인가되었다. 1995년에는 부산혜원학교로 개명되고 정신지체아 입학으로 학칙이 개정되었다. 2010년에는 부산 베데스타 합창단이 창단되어 연주회를 개최하였다.
경천·애국·선린(敬天·愛國·善隣)의 정신을 교훈으로하여 하나님과 나라와 이웃을 사랑하도록 가르치고 있으며, 교육목표는 장애를 이기며 가진 능력을 최대한으로 가꾸어 사회에 적응하고 자립 자활할 수 있는 능력인을 목표로 삼고 있다. 정규 교육과정을 포함하여 각종 특별활동, 방과후 활동, 혜원 프르미 활동등을 통하여 교육목표 달성에 노력하고 있다.
학생들의 직업 전환교육을 위하여 직업 순회교육, 직업 네트웍 프로그램, 연수 등을 종합적으로 계획하고 실천하여 학생과 직업간의 관계 구축에 노력하고 있다. 또한 대구대 영덕 연수원과 경남 거제 자연휴양림 등을 활용하여 학생들의 호연지기와 극기훈련으로 건강과 취미생활에 도움을 주고 있으며, 학생들의 건강과 건전한 정신 함양을 위하여 아쿠아로빅, 헬스, 인라인 스케이트 활동을 프로그램화하여 활용하고 있다. 이는 학생들의 기초체력증강은 물론 협동심과 감각기능의 활성화 등에 기여하고 있다.
부산 베데스타 합창단은 학생은 물론 교사와 졸업생 그리고 학부모와 지역 주민들이 함께하는 합창단으로 통합교육과 정서함양 그리고 지역사회와의 연계에 많은 도움을 주고 있다.